Detektion bisher unbekannter knochenspezofischer Gene, welche Osteoblastendifferenzierung in vitro regulieren

Studienziel: Detektion bisher unbekannter knochenspezifischer Gene, welche die Osteoblastendifferenzierung in vitro regulieren
Hybridisierungsanzahl: Affymetrix A, B und C-Chip (36.000 Gene), zweifach durchgeführt
Referenz für die Hybridisierung:
Array-Design: Primäre murine Osteoblasten wurden in vitro zur Differenzierung angeregt (b-Glycerophosphat und Ascorbinsäure). Aus den Kulturen wurde nach 5 sowie nach 25 Tagen Differenzierungszeit gesamtRNA präpariert, und per GenArray sollten Gene mit möglichst maximaler Steigerung der Expressionsintensität detektiert werden.
Art der Präparate: Primärkulturen muriner Osteoblasten
Krankheitsstadium: -
Lagerbedingungen: Lagerung der präparierten RNA in DMSO-H2O bei -80°C
Technik der Zellseperation: Zellpräparation aus 3-5 Tage alten Calvarien> Kollagenase-Dispase-Verdau> Primärkultur
Anzahl der Amplifikationsschnitte: -
Software: Affymetrix-Software
Kriterien für die von Kanditatengenen: Ausgewählt wurden Gene mit einer möglichst intensiven Expressionssteigerung am Tag 25 im Vergleich zum Tag 5 nach Differenzierungsbeginn. Im weiteren Verlauf wurden diese per RT-PCR auf ihre Knochenspezifität hin untersucht, nachdem im Rahmen der semiquantitativen RT-PCR die Ergebnisse des Arrays tendenziell bestätigt werden konnten.
Ergebnisse: Es konnten nicht nur bereits bekannte Daten bestätigt werden (Osteocalcin, Cbfa1 als knochenspezifisch), sondern einige der Funktion nach bisher wenig bekannte Gene als an der Osteoblastendifferenzierung beteiligt analysiert werden. Ferner können einige dieser Gene nach den Ergebnissen der RT-PCR-Untersuchung als vermutlich knochenspezifisch bezeichnet werden.