Genexpressionsanalysen beim nicht-kleinzelligen Bronchialkarzinom

Studienziel: Identifikation differentiell exprimierter Gene beim Bronchialkarzinom mit therapeutischer und prognostischer Relevanz
Hybridisierungsanzahl: 1
Referenz für die Hybridisierung:
Array-Design: Affymetrix GeneChip U133A und B
Art der Präparate: Histologisch gesicherte Plattenepithel- und Adenokarzinome der Lunge und korrespondierendes normales Bronchialepithel
Krankheitsstadium: UICC-Stadium IA - IIIB
Lagerbedingungen: Schockgefrierung in flüsigem Stickstoff umgehend nach Entnahme aus Operationssitus, Lagerung bei -80C°
Technik der Zellseperation: UV-Laser gestützte Mikrodissektion
Anzahl der Amplifikationsschnitte: Amplifikation via Linearer In Vitro Transkription (rIVT) über 3 Runden
Software: Kensington Discovery Edition (KDE), GeneMaths (Applied Maths)
Kriterien für die von Kanditatengenen: Probesets die in mindestens einem Experiment (1/56) die Bedingung 1) pval (PM / MM)< 0.11 und die Bedingung 2) PMQ-value > 4.0 erfüllten gingen in die weitere Analyse ein (present). Ranking unidirektioneler statistischer Tests (Golub, Wicoxon, Student´s T-Test, Foldchange)zwischen Normal- und Tumorgewebe und zwischen Tumorsubtypen. Abgleich mit Datenbanken. Validierung auf RNA- und Proteinebene.
Ergebnisse: Identifikation von 198 Genen, die in Tumor- und Normalgewebe und in den Tumorsubtypen Adenokarzinom und Plattenepithelkarzinom differentiell exprimiert waren. Klare Trennung von N / T und der Tumorsubtypen durch hierarchisches Clustering und Principal Componant Analysen.