Genexpressionsanalysen mit Hilfe von cDNA-Arrays

Studienziel: prätherapeutisches Vorhersagen des Ansprechens von Rektumkarzinomen auf eine neoadjuvante Radiochemotherapie
Hybridisierungsanzahl: 2
Referenz für die Hybridisierung: mRNA-Referenz-Pool (Strategene, La Jolla, CA, USA)
Array-Design: RNA-Extraktion, Amplifikation, Reverse-Transkriptase-Reaktion, Hybridisisierung auf NCI-cDNA-arrays (National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA; 9984 Gene); Scanning mittels Axon-Scanner und GenePixPro 3.0 Software; Hintergrund-Subtraktion und Normalisierung mit Hilfe der CIT/NIH-microarray database (http://mach1.nci.nih.gov/); Statistische Analysen
Art der Präparate: Biopsien von Rektumkarzinomen
Krankheitsstadium: uT3 oder uT4 (uUICC II oder III)
Lagerbedingungen: direktes Überführen des Biopsiepräparates in RNAlater (Ambion, Austin, Texas, USA)
Technik der Zellseperation: RNA-Extraktion mittels TRIZOL (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA)
Anzahl der Amplifikationsschnitte: 1 Runde mittels RiboAmp RNA amplification kit (Arcturus, Mountain View, CA, USA)
Software: BRBArrayTools (Biometric Branch, NCI, NIH)
Kriterien für die von Kanditatengenen: Unterschiedliche Expression in den 2 Gruppen Responder und Non-Responder bei einem Schwellenwert von p<0,001
Ergebnisse: Responder und Nicht-Responder zeigten signifikant unterschiedliche Expressionsmuster von 54 Genen; diese Expressionsunterschiede erlaubten eine Vorhersage der Therapie-Response, gemessen als T-Level Down-sizing nach neoadjuvanter Radiochemotherapie, für 83% der Patienten (p=0,03). Die Sensitivität und Spezifität betrug 89% bzw. 79% mit einem positiven prädiktiven Wert von 73% und einem negativen prädiktiven Wert von 92%.